Predição in silico de epítopos de linfócitos t citotóxicos da variante delta do sars-cov-2

Abstract

INTRODUÇÃO: Em janeiro de 2020, cientistas chineses isolaram o SARS-CoV-2, vírus causador da COVID-19, causador de uma crise de saúde mundial que levou a mais de 6 milhões de óbitos. Nesse contexto, surgiram variantes desse mesmo vírus, com destaque para a variante Delta, que apresentou aumento da patogenicidade e transmissibilidade da doença. Entretanto, até os dias atuais, poucos estudos descreveram a resposta imune desencadeado por células T CD8 citotóxicas para o SARS-CoV-2. Dessa forma, é importante identificar os epítopos T potenciais da variante Delta do SARS-CoV-2, uma vez que permitirá inferir sobre a possibilidade de escape da imunidade celular gerada pela primum infecção ou pela vacinação e qual impacto esse escape é capaz de gerar na saúde dos indivíduos. OBJETIVO: Predizer in silico epítopos da proteína Spike de linfócitos CTL da variante Delta do SARS-CoV-2, comparando-os com epítopos da sequência-mãe isolada de Wuhan. METODOLOGIA: Para a predição, foram utilizadas as moléculas de HLA com maior frequência na população brasileira, encontradas no site “The Allele Frequency”. As sequências de nucleotídeos da sequência-referência do SARS-CoV-2 e da variante Delta do SARS-CoV-2 foram obtidas através da plataforma GISAID. A sequência de nucleotídeos da sequência-referência foi traduzida com auxílio do software “Expase Translate” e foram coletadas as sequências de aminoácidos correspondentes à proteína Spike. Após a seleção das sequências, a afinidade de cada uma com os HLAs previamente selecionados foi testada através do NetCTLpan. Os possíveis epítopos encontrados foram classificados com base no %-rank, sendo selecionados os possíveis epítopos com %-rank ≤ 0.15. Foram selecionados para análise neste estudo apenas os quinze possíveis epítopos que se ligam a uma maior quantidade de moléculas de HLA, sendo cinco deles para HLA-A, cinco para HLA-B e cinco para HLA-C. RESULTADOS: A sequência de proteína Spike da variante Delta utilizada para estudo apresentou sessenta e quatro potenciais epítopos para moléculas de HLA, sendo que, desses, sessenta e dois potenciais epítopos também estão presentes na sequência de proteína Spike de referência. Dessa forma, foi observado o surgimento de dois novos potenciais epítopos, inexistentes na sequência de proteína Spike de referência. Além disso, foram encontrados oito pontos de alto reconhecimento por HLAs nas duas sequências estudadas. CONCLUSÃO: Observou-se grande semelhança tanto qualitativa quando quantitativamente entre os potenciais epítopos. Apesar disso, as variações encontradas entre as sequências provavelmente possuem repercussão na maior transmissibilidade e maior gravidade do quadro clínico relatadas pela infecção pela Delta. Ademais, foi demonstrado que a infecção por diferentes variantes está provavelmente relacionada com a proteção contra reinfecção pelo SARS-CoV-2.